Die Ethikkommission wurde 2006 gegründet. Ihre jetzige Struktur geht aber auf den Reformprozess unter der Leitung der unabhängigen Kommission für Governance von 2011 bis 2013 zurück. Die meisten derzeit amtierenden Mitglieder wurden am 31. Mai 2013 vom 63. FIFA-Kongress gewählt. Die Wahl der restlichen Mitglieder folgte bei späteren Kongressen. 

Grundlage für alle Verfahren und Entscheide der Ethikkommission ist das FIFA-Ethikreglement, das vom Exekutivkomitee und vom FIFA-Kongress verabschiedet wurde. Die Ethikkommission kann gegen Offizielle, Spieler, Vermittler und lizenzierte Spielvermittler, die gegen das Ethikreglement verstoßen, die in den Statuten, im Ethikreglement oder im Disziplinarreglement festgelegten Sanktionen verhängen. Das FIFA-Ethikreglement ist auf allgemeine Verhaltensweisen innerhalb des Fussballs ausgerichtet, die einen geringen oder gar keinen Spielfeldbezug aufweisen.

Die Ethikkommission besteht aus einer Untersuchungskammer und einer rechtsprechenden Kammer, die beide unabhängig sind. Die Vorsitzenden, Vizevorsitzenden und weiteren Mitglieder werden für eine Amtszeit von vier Jahren vom Kongress gewählt. Gemäß FIFA-Statuten dürfen der Vorsitzende und der Vizevorsitzende beider Kammern keinen organisatorischen oder finanziellen Bezug zur FIFA haben – weder direkt noch über unmittelbare Familienangehörige. Die übrigen Mitglieder und ihre unmittelbaren Familienangehörigen dürfen weder einem anderen Rechtsorgan noch dem Exekutivkomitee noch einer ständigen Kommission der FIFA angehören. Die Mitglieder der Ethikkommission sind bei ihren Untersuchungen, Verfahren und Entscheiden absolut unabhängig.

Das FIFA-Generalsekretariat stellt beiden Kammern ein Sekretariat und das erforderliche Personal zur Verfügung.