Marcel Desailly führte Frankreich 2001 und 2003 als Kapitän zum Titelgewinn beim FIFA Konföderationen-Pokal und blieb dabei in insgesamt acht Spielen unbesiegt. Der Welt- und Europameister versäumte 2001 ein Spiel, als Trainer Roger Lemerre seine Mannschaft für die Partie gegen Australien umstellte. Somit war Desailly an der Niederlage gegen die Socceroos nicht beteiligt. Zwei Jahre später gewann Frankreich als Titelverteidiger im eigenen Land alle fünf Spiele, wobei Desailly die Mannschaft in vier dieser fünf Partien aufs Feld führte.

In seiner langen Karriere mit 115 Länderspielen gewann Desailly zahllose Trophäen. Er erzielte drei Tore für Frankreich, unter anderem den Siegtreffer im Halbfinale des FIFA Konföderationen-Pokals 2001 gegen Brasilien.