Dida nahm insgesamt fünf Mal am FIFA Konföderationen-Pokal teil und blieb dabei in zwölf Spielen ohne Gegentor. Zwei Mal konnte der Torhüter am Ende die Trophäe in die Höhe stemmen (1997 und 2005), ein weiteres Mal landete er mit Brasilien auf Platz zwei. Sein erster Auftritt beim FIFA Konföderationen-Pokal war wohl auch der leichteste: 1997 räumten die überlegenen Brasilianer alle Konkurrenten aus dem Weg. Dida ließ in der Gruppenphase lediglich zwei Gegentreffer beim 3:2-Sieg gegen Mexiko zu. In den verbleibenden vier Spielen (auch im Finale) hielt er seinen Kasten hingegen sauber.

Bei den Turnierauflagen 1999 und 2001 absolvierte der Torhüter die Gruppenphase jeweils mit einer blütenweißen Weste. Während die Südamerikaner es 1999 bis ins Finale schafften, schieden sie 2003 in der Halbfinalrunde aus. Der FIFA Konföderationen-Pokal 2003 verlief für die Seleção sehr unglücklich: Die Brasilianer schieden nach der Gruppenphase aus, nachdem Dida nur ein Mal ohne Gegentor geblieben war. 2005 bestritt der herausragende Schlussmann in Deutschland sein letztes internationales Turnier. Er behielt zwar nur im ersten Spiel gegen Griechenland eine weiße Weste (sein insgesamt zwölftes Spiel ohne Gegentor beim FIFA Konföderationen-Pokal), konnte jedoch am Ende mit Brasilien erneut den Titelgewinn bejubeln.