Sei es im Trikot von Flamengo, Bayer Leverkusen, AS Rom oder Brasilien, Juan hat sich stets als harte Nuss für gegnerische Stürmer erwiesen. Seine perfekt getimten Tackles und sein intelligentes Stellungsspiel verhalfen dem Carioca 2001 zu seinem Länderspieldebüt. Seit 2004 bildet er mit Lucio die Innenverteidigung der brasilianischen Nationalmannschaft.

Sein Profidebüt feierte Juan 1996 bei Flamengo. Bald feierte man ihn als Nachfolger von Clublegende Aldair. Während seiner sechs Jahre bei O Mengão hatte der Innenverteidiger immer wieder Gelegenheit einen Titelgewinn zu feiern: Vier Mal holte man das Campeonato Carioca und ein Mal, 1999, die Copa Mercosul.

2002 verpflichtete Bayer Leverkusen Juan, der in kurzer Zeit zu einem der stärksten Verteidiger der deutschen Bundesliga avancierte, obwohl er mit der Werkself keinen Titel gewinnen konnte. Fünf Jahre später wechselte er zu AS Rom. Trotz einiger Verletzungsprobleme trug er mit zum Gewinn der Coppa Italia 2008 bei und hat sich mittlerweile in der Serie A durchgesetzt.

2004 und 2007 verhalf Juan der Nationalmannschaft seines Landes zum Gewinn der Copa Amèrica und 2005 zum Sieg beim FIFA Konföderationen-Pokal. Er war einer von Brasiliens stärkeren Spielern bei der FIFA Fussball-Weltmeisterschaft Deutschland 2006™. Da er schon seit längerer Zeit mit Lucio ein eingespieltes Team in der Innenverteidigung bildet, ist der 30-Jährige nach wie vor für Trainer Dunga erste Wahl.